phpMyAdmin naar een remote server laten connecten is even werk, maar wel mogelijk. Probeer wel zoveel mogelijk alles dicht te timmeren qua veiligheid.
Dus logins op MySQL alleen toe te staan vanaf het IP van de webserver met phpMyAdmin.
In onderstaand voorbeeld is 192.168.2.121 de webserver en 192.168.2.122 de MySQL server. 

MySQL Configuratie

In de configfile van MySQL het bind_address aanpassen naar het externe ip-adres van de machine aanpassen. 

$ nano /etc/mysql/my.cnf

In de database een login aanmaken die alleen vanaf de webserver werkt.
Inloggen op MySQL 

$ mysql -u root -p

Dan de volgende SQL statements:

CREATE USER 'admin'@'192.168.2.121' IDENTIFIED BY 'some_pass';
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'admin'@'192.168.2.121' WITH GRANT OPTION;

phpMyAdmin Configuratie